Syndicat Mixte fermé, le SDE35 est administré par un Comité Syndical constitué de représentants des collectivités membres réparties en 3 collèges électoraux :
soit un total de 40 titulaires et 39 suppléants en 2026.
Le comité élit le président et les vice-présidents. Bien qu'ayant délégué une partie de ses attributions au président et au bureau, il reste souverain dans l'administration du syndicat, le vote du budget et du compte administratif. Il définit également les modalités des interventions financières du syndicat en faveur des collectivités adhérentes.
Il se réunit une fois toutes les six semaines.
Les délégués du Comité syndical et leurs suppléants peuvent participer à 7 commissions, lieu privilégié d’échanges et de travail entre élus et services. Les projets y sont évoqués en amont et le travail réalisé permet d’alimenter les décisions du bureau et du comité syndical.